Il n'y a pas d'obligation de rester fixé sur un système d'affutage. L'idéal est certes de retrouver pile-poil le résultat du système précédent. Mais cela arrive rarement en fait, et à mon avis, c'est encore pire avec une lime nue à main levée. Je me doute que les bûcherons qui affûtent plusieurs fois par jour seront d'un avis différent, vue leur pratique.
Simplement le fait de prendre une lime neuve modifie les caractéristiques de l'affutage ( diamètre, hauteur, force d'appui, nombre de passes nécessaires, état du tranchant ...), donc changer ses repères ou son système amène forcément des modifications. Je ne parle même pas du passage de la meule à la lime ou vice-versa.

Le principal effet est que la lime a une position légèrement différente, radiale ou/et angulaire. Le truc du feutre permet de visualiser cet écart. Mais ce n'est pas grave, il suffit de donner deux ou trois coups de limes en plus pour que le nouveau "coup de main" fasse son chemin sur toute la surface à limer (et donc enlève tout le feutre).

J'ai remarqué qu'une lime neuve permet d'enlever environ 0,1 mm d'acier par coup sur une gouge en bon état.
C'est très rapide s'il n'y a pas un écart important, comme pour un détail de position.
Un bras robot permettrait d'affuter en une seule passe pour un simple rafraichissement. Mon bras à moi demande 3 coups pour être sûr, compte-tenu de l'imprécision de mon geste. Pour la petiote ms150T deux coups par dent suffisent la plus part du temps.
Évidemment, si la lime est toute bouffée et brillante, elle enlève très peu de métal et il faut multiplier le nombre de passes par deux ou trois, voir plus, pour obtenir un enlèvement équivalent.

Changer de système n'est donc pas trop un problème de mon point de vue. Il faut juste éviter de le faire constamment pour ne pas avoir à recaler ses sensations et son geste à chaque fois. La chaîne fait plus d'usage aussi, sans tous les petits enlèvements des rattrapage successifs.