Sans photo, c'est difficile à dire, mais cela ressemble à un coup de soleil massif suite à une taille sévère par exemple, ou alors l'arbre a servi de terrain de jeu (les écorces fines n'apprécient pas le piétinement). Le dessus des branches est mort et les champignons attaquent, d'où la pourriture du bois puis la rupture.
L'eau n'y est pour rien et à priori la mouche non plus. Les quelques chancres que j'ai vu sur cerisier attaquaient de préférence la face inférieure des branches, mais c'était peut-être juste une particularité.

Les bords des blessures sont un point de rupture pour la vieille écorce. Elle est mise normalement sous forte tension par la croissance en diamètre mais comme la blessure a interrompu la continuité, rien ne retient le bord des vielles couches qui tendent à lâcher et à peller sous la contrainte. Ne pas tirer et arracher ces lambeaux juste pour faire propre car cela expose les tissus vivants en dessous. Ils se retrouvent sans protection et c'est comme une nouvelle blessure.
Pas grand chose à faire malheureusement, à part faire le ménage dans la casse. Si la plus-part des branches sont dans cet état, il me semble mal parti. Planter un jeunot un peu à l'écart serait une bonne idée pour pouvoir assurer la relève.